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Trabalhos publicados por grupos externos utilizando os recursos computacionais do CENAPAD/LNCC.
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Vilasbôas, F.; Osthoff, C.; Ocaña, K.; Trelles, O.; Vasconcelos, A.
Análise da execução do algoritmo CFRK
III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.
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Silva, M. P.; Osthoff, C.; Dias, P. L. da S.; Souto, R. P.
Changes in the linear system equations solver to optimize the Ocean–Land–Atmosphere Model
4th Conference on Computational Interdisciplinary Sciences - CCIS2016, Novembro de 2016.
Mondelli, M.; Tonelli, M.; Ocaña, K.; Vasconcelos, A.; Gadelha, L.
HPSW-Prof: A Provenance-Based Framework for Profiling High Performance Scientific Workflows
Demonstration Track, Proc. of Satellite Events of the 31st Brazilian Symposium on Databases (SBBD 2016), Outubro de 2016.
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Silva, M. P.; Dias, P. L. da S.; Osthoff, C.; Souto, R. P.
Ajuste do intervalo de tempo para integraçao do modelo OLAM com grade de resolução variável
XXXVI Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional - CNMAC2016, Setembro de 2016.
Silva, M. P.; Dias, P. L. da S.; Osthoff, C.; Souto, R. P.
Prevendo o desempenho do OLAM no supercomputador Santos Dumont
XXXVI Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional - CNMAC2016, Setembro de 2016.
Cabral, F.; Osthoff, C.; Borges, M.R.
Fine-Tuning Optimization for a Numerical Method for Hyperbolic Equations Applied to a Porous Media Flow Problem with Intel® Tools
[Artigo disponível para leitura no Intel Developer Zone] (https://software.intel.com/en-us/articles/fine-tuning-optimization-for-a-numerical-method-for-hyperbolic-equations)
N.R. da Silva D.; Wehmuth K.; Osthoff C.; Appel A.P.; Ziviani A.
Análise de Desempenho de Plataformas de Processamento de Grafos
31° Simpósio Brasileiro de Banco de Dados, SBBD2016, Salvador, Bahia - Brasil, de 04 a 07 de outubro de 2016.
Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F.
Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para a contabilização da frequência de repetição de k-mers.
Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Julho de 2016.
Mondelli, M.; Galheigo, M.; Medeiros, V.; Bastos, B.; Gomes, A.; Mattoso, M.; Vasconcelos, A.; Gadelha, L.
Integrating Scientific Workflows with Scientific Gateways: A Bioinformatics Experiment in the Brazilian National High-Performance Computing Network.
X Brazilian e-Science Workshop. Anais do XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, Julho de 2016.
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Vilasbôas, F.G.; Osthoff, C. ; O. Trelles ; OCAÑA, K.A.C.S. ; Vasconcelos , A.T.R.
Otimização de um algoritmo paralelo para contabilização da repetição de k-mers.
2ª Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, 2016, Rio de Janeiro.
Vilasbôas, F.G.; Osthoff, C.; Trelles, O.; Vasconcelos, A.T.
Desenvolvimento de um algoritmo paralelo para contabilização da repetição de K-mers
3ª Conferência Ibero Americana de Computação Aplicada 2015 - Florianópolis - Santa Catarina - Brasil - 30 Novembro a 1 Dezembro de 2015.
Vilasbôas, F.; Osthoff, C.; Ocaña, K.; Trelles, O.; Vasconcelos, A.T.
A GPU-based algorithm to Calculate K-mers Frequencies.
X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics - São Paulo - Brasil - 3 a 6 de Novembro de 2015.
Mondelli, M. L.; Torreño, O.; Ocaña, K. A. C. S.; Mattoso, M.; Wilde, M.; Vasconcellos, A. T.; Trelles, O.; Gadelha, L. M. R.
SwiftGECKO: a provenance-enabled parallel comparative genomics workflow.
In Proceedings X-Meeting 2015, Universidade de São Paulo, São Paulo, Novembro de 2015.
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Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Ramos, D.; Nardes, R.
MDACCER: Modified Distributed Assessment of the Closeness Centrality Ranking in Complex Networks for Massively Parallel Environments.
6th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures (SBAC-PAD 2015) - Florianópolis - Brasil - 18 a 21 de Outubro de 2015.
Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M.
Fine-Tuning Xeon architecture Vectorization and Parallelization of a Numerical Method for convection-diffusion equations.
Latin America High Performance Computing Conference - Petrópolis - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.
Stanislau, R.L.; Osthoff, C.; da Silva, M.P.
Avaliação de um problema fortemente acoplado nas arquiteturas Intel Core i7 e Intel Xeon com e sem HyperThreading e na Intel Xeon Phi.
I Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.
Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F.
Estudo de uma versão paralela do processo de clusterizacão aplicado a montagem e comparação de genomas.
I Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.
Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Nardes, R.; Nascimento, D.;
Massive parallelism with GPUS for centrality ranking in complex networks.
International Journal of Computer Science and Information Technology (AIRCC - IJCSIT), 6(3):21-37, 2014.
CABRAL, F. L., KISCHINHEVSKY, M., BRANDAO, D., Osthoff, C
MPI/OpenMP/OpenACC implementations for the solution of convection - diffusion equations with the HOPMOC Method
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CABRAL, F. L., Osthoff, C, BRANDAO, D., KISCHINHEVSKY, M.
Implementação Híbrida MPI/OpenMP do Método HOPMOC na Resolução da Equação de Convecção-Difusão
XXXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2014., 2014, Natal.
Cabral, F. L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M.;
Hybrid MPI/OpenMP/OpenACC implementations for the solution of convection-diffusion equations with the HOPMOC Method.
The 14th International Conference on Computational Science and Its Applications, 2014.
Cabral, F. L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M.;
Implementação Híbrida MPI/OpenMP do Método HOPMOC na Resolução da Equação de Convecção-Difusão.
XXXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2014.
Gadelha Jr., L. M. R.; Guimarães, P.; Moura, A. M.; Drucker, D. P.; Dalcin, E.; Gall, G.; Tavares Jr., J.; Palazzi, D.; Poltosi, M.; Porto, F.; Moura, F.; Leo, W. V.;
SiBBr: Uma Infraestrutura para Coleta, Integração e Análise de Dados sobre a Biodiversidade Brasileira.
VIII Brazilian e-Science Workshop no XXXIV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2014.
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PINTO, R. S., Osthoff, C, VASCONCELOS, A. T., AUGUSTO, D., DIAS, P. L. S., RODRIGUEZ, A., TRELLES, O.
Applying GPU Dynamic Parallelism to High-Performance Normalization of Gene Expressions
15th International Simposium on Computer Architecture and High Performance Computing/ 4th Workshop on Applications
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Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., PILLA, L., MAILLARD, N., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., WALKO, R., KASSICK, R., BOITO, F.
Atmospheric models hybrid OpenMP/MPI implementation multicore cluster evaluation.
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Osthoff, C, PINTO, R. S., Vliasboas F., NAVAUX, P., LOPES, P. P., PANETTA, J.
Global atmospheric model performance case studies in multicore and manycore platform
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Atmospheric Model Cluster Performance Evaluation on Hybrid MPI/OpenMP/Cuda Programming Model Platform
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PINTO, R. S., Osthoff, C, Vliasboas F., DIAS, P. L. S.
Programming Models case studies on Atmospheric Model Application
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BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, N., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J.
Avaliação de desempenho do OLAM com o PVFS2
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EVALUATION OF PROGRAMMING MODELS FOR ATMOSPHERIC APPLICATION
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Osthoff, C, Vliasboas F., PINTO, R. S., BOITO, F., LOPES, P. P., PANETTA, J., SCHEPKE, C., KASSICK, R., NAVAUX, P., DIAS, P. L. S.
GPU PERFORMANCE EVALUATION ON ATMOSPHERE MODEL’S APPLICATION SYSTEM
XXXII-CILAMCE-Iberian Latin American Congress on Computational Methods in Engineering, 2011, Ouro Preto- MG.
Osthoff, C, GRUNMAN, P., BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., PANETTA, J., MAILLARD, N., DIAS, P. L. S., WALKO, R.
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BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., SCHEPKE, C., NAVAUX, P., MAILLARD, N., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J.
I/O Performance of a Large Atmospheric Model using PVFS
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KASSICK, R., BOITO, F., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, V., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J.
Trace-based Visualization as a Tool to Understand Applications’ I/O Performance in Multi-Core Machines
2nd Workshop on Architecture and Multi-Core Applications - October 26th and 27th of 2011, 2011, Vitória-ES. 23rd International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing - SBAC-PAD’2011. IEEE Computer Society, 2011.
Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., KASSICK, R., BOITO, F., NAVAUX, P.
Improving Core Selection on a Multicore Cluster to Increase the Scalability of an Atmospheric Model Simulation
XXXI Iberian-Latin-American Congress on Computational Methods in Engineering, 2010, Buenos Aires. Macanica Computacional Vol. XXIX. Buenos Aires: Asociación Argentina de Mecanica Computacional, 2010. p.3143 - 3153
Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., GRUNMAN, P., MAILLARD, N., NAVAUX, P., DIAS, P. L. S.
I/O Performance Evaluation on Multicore Clusters with Atmospheric Model Environment
SBAC-PAD 2010, 2010, Petrópolis. 22nd International Symposium on Computer Architecture and High Performance computing. IEEE Computer Society, 2010. v.WAMMCA.
SCHEPKE, C., MAILLARD, N., Osthoff, C, DIAS, P. L. S., PANETTA, J.
Performance Evaluation of an Atmospheric Simulation Model on Multi-Core Environments
Latin American Conference on High Performance Computing (CLCAR 2010, 2010, Gramado-RS). Performance Evaluation of an Atmospheric Simulation Model on Multi-Core Environments 2010.
Relatórios técnicos do CENAPAD/LNCC
Stanislau, R.L.; Labruzzo, T.; Souto, R.P.; Osthoff, C.; Zerilli, A.
Modelagem Multi-dimensional e inversão de dados eletromagnéticos (EM) em uma estação de trabalho multicore utilizando OpenMP ou processamento paralelo heterogêneo
Petrópolis, Agosto de 2017.
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Publicações em fórum de Iniciação Científica e resumo expandido publicados pelo CENAPAD/LNCC
Cabral, M.; Galheigo, M.; Gomes, A. T. A.; Ocaña, K.A.C.S Updating Services at the BioinfoPortal Scientific Gateway: Provenance Databases as a Key.. In: Latin America High Performance Computing Conference (CARLA 2022), 2022, Porto Alegre. Latin America High Performance Computing Conference (CARLA 2022), 2022.
Medeiros, V.; Galheigo, M.; Gomes, A. T. A.; Ocaña, K.A.C.S. Modeling Phylogenetic Workflows for High Performance Computing Environments.. In: Latin America High Performance Computing Conference (CARLA 2022), 2022, Porto Alegre. Latin America High Performance Computing Conference (CARLA 2022), 2022.
Coelho, M.; Freire, G.; Ocaña, K.A.C.S.; Osthoff, C.; Carneiro, A.; Galheigo, M.; Zanon-Boito, F.; Navaux, P.; Cardoso, D. Development of a Machine Learning Framework to Support Efficient Scientific Gateways.. In: Latin America High Performance Computing Conference (CARLA 2022), 2022, Porto Alegre. Latin America High Performance Computing Conference (CARLA 2022), 2022.
Gabriel Costa (CEFET/RJ), Thiago Teixeira (LNCC), Frederico Cabral (LNCC), Carla Osthoff (LNCC). Implementação de overthread no método numérico HOPMOC através de um algoritmo híbrido MPI/OpenMP. Workshop de Iniciação Científica em Arquitetura de Computadores e Computação de Alto Desempenho (WSCAD 2020 - WIC), 2020. Anais do Workshop de Iniciação Científica em Arquitetura de Computadores e Computação de Alto Desempenho, 2020.
Gabriel Pinheiro da Costa, Frederico Luís Cabral, Carla
Osthoff. Otimização do Método HOPMOC 1D com auxílio das ferramentas Intel
Parallel Studio. Workshop de Iniciação Científica do Simpósio Brasileiro
de Computação de Alto Desempenho 2019 (WSCAD-WIC)
Weber Ribeiro, Thiago Teixeira , Frederico L. Cabral, CarlaOsthoff,
Marcio Borges, Otimização para Ambientes Intel de um Método Numérico
para o Escoamento Bifásico de Fluidos em Meios Porosos Através da
Eliminação de Barreiras OpenMP. Workshop de Iniciação Científica do
Simpósio Brasileiro de Computação de Alto Desempenho 2019(WSCAD-WIC)
Gabriel Pinheiro da Costa, Carla Osthoff, Frederico Cabral. Aplicacão
das ferramentas Intel Parallel Studio para modernização de código para
métodos numéricos de diferenças finitas para solução de equações
diferenciais parciais em arquitetura Intel Haswel/Broadwell. Escola
Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro 2019, ERAD-RJ 2019.
Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F.
Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para a contabilização da frequência de repetição de k-mers.
III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.
Melo, M.S.; Souto, R.P.
Otimização computacional do esquema da radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo e clima.
III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.
Teixeira, T.D.Q.S.; Cabral, F.L.; Osthoff, C.
Estratégia de otimização para um método numérico para resolução de problemas de convecção-difusão.
III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.
Melo, M.S.; Souto, R.P.
Paralelização do esquema de radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo.
Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Julho de 2016.
Melo, M.S.; Souto, R.P.; Castro, I.F.M.
Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core.
Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Agosto de 2015.
Publicações em Pôsteres pelo CENAPAD/LNCC
OCAÑA, K.A.C.S.; Coelho, M. ; Terra, R. S. ; Freire, G. ; Santos, M. ; Silva, L. C. ; GALHEIGO, MARCELO ; Carneiro, A. ; Fagundes, B. ; Carvalho, D. ; Cardoso, D. ; Meneses, E. ; Gadelha, L. ; Osthoff, C. .Developing Efficient Scientific Gateways for Bioinformatics in Supercomputer Environments supported by Artificial Intelligence. In: The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021. The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021.
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Taipe, S. H. H., Teixeira, T, Ribeiro, W., Carneiro, A., Cabral, F. L., Gonzaga de Oliveira S.L., Serpa, M. S., Borges, M. R., Esteban Meneses, Osthoff, C., Navaux,P.SCALABLE NUMERICAL METHOD FOR BIPHASIC FLOWS IN HETEROGENEOUS POROUS MEDIA IN HIGH-PERFORMANCE COMPUTATIONAL ENVIRONMENTS. In: The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021. The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021.PDF
Vilasbôas, F.; Coelho, M.; Osthoff, C.; Vasconcelos, A.T.; Trelles, O.
K-mer Frequency Counting Algorithm on a Hybrid Cluster Environment.
ISC High Performance Conference, Frankfurt , Alemanha, Junho de 2017.
Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F.
Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para contabilização da frequência de repetição de k-mers.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Outubro de 2016.
Melo, M.S.; Souto, R.P.
Otimização computacional do esquema de radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo e clima.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Outubro de 2016.
Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F.
Estudo de uma versão paralela em arquitetura manycore do processo de classificação de metagenomas.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2015.
Melo, M.S.; Souto, R.P.
Estudo sobre paralelização de código da radiação implementada no modelo BRAMS.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2016.
Mondelli, M. L.; Vilasbôas, F.; Ocaña, K.; Mattoso, M.; Vasconcelos, A. T.; Gadelha, L.
Provenance - based Profiling of Swift Parallel and Distributed Scientific Workflows. In Proceedings X-Meeting 2015,
Universidade de São Paulo, São Paulo, Novembro de 2015.PDF
Melo, M.S.; Souto, R.P.; Castro, I.F.M.
Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2015.
Cabral, L.C.; OSTHOFF, C.; Silva, D.; Moreira, R.N.
MDACCER: A local strategy for assessment of complex networks on GPUs.
Nvidia GPU Technology Conference 2015, Março de 2015.
VALENTE, M.C.; OSTHOFF, C.; Vliasboas, F.
Estudo de uma versão paralela do processo de clusterização aplicado a montagem e alinhamento de genomas.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2015.
MELO, M.S.; SOUTO, R.P.; CASTRO, I.F.M.
Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2015.
MELO, M.S.; OSTHOFF, C.; SOUTO, R.P.
Estudo de desempenho de uma aplicação de bioinformática em um ambiente híbrido de processamento paralelo com tecnologia multicore e GPU.
Jornada de Iniciação Tecnológica PIBITI/LNCC, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2014.
Silva, D.; OSTHOFF, C.; Cabral, L.F.
Avaliação de Desempenho dos Algoritmos para Manipulação de Grafos em Ambientes Paralelos Híbridos CPU/GPU.
Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2014.