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Trabalhos publicados

Vilasbôas, F.; Osthoff, C.; Ocaña, K.; Trelles, O.; Vasconcelos, A. Análise da execução do algoritmo CFRK III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017. PDF

Silva, M. P.; Osthoff, C.; Dias, P. L. da S.; Souto, R. P. Changes in the linear system equations solver to optimize the Ocean–Land–Atmosphere Model 4th Conference on Computational Interdisciplinary Sciences - CCIS2016, Novembro de 2016.

Mondelli, M.; Tonelli, M.; Ocaña, K.; Vasconcelos, A.; Gadelha, L. HPSW-Prof: A Provenance-Based Framework for Profiling High Performance Scientific Workflows Demonstration Track, Proc. of Satellite Events of the 31st Brazilian Symposium on Databases (SBBD 2016), Outubro de 2016. PDF

Silva, M. P.; Dias, P. L. da S.; Osthoff, C.; Souto, R. P. Ajuste do intervalo de tempo para integraçao do modelo OLAM com grade de resolução variável XXXVI Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional - CNMAC2016, Setembro de 2016.

Silva, M. P.; Dias, P. L. da S.; Osthoff, C.; Souto, R. P. Prevendo o desempenho do OLAM no supercomputador Santos Dumont XXXVI Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional - CNMAC2016, Setembro de 2016.

Cabral, F.; Osthoff, C.; Borges, M.R. Fine-Tuning Optimization for a Numerical Method for Hyperbolic Equations Applied to a Porous Media Flow Problem with Intel® Tools Artigo disponível para leitura no Intel Developer Zone

N.R. da Silva D.; Wehmuth K.; Osthoff C.; Appel A.P.; Ziviani A. Análise de Desempenho de Plataformas de Processamento de Grafos 31° Simpósio Brasileiro de Banco de Dados, SBBD2016, Salvador, Bahia - Brasil, de 04 a 07 de outubro de 2016.

Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para a contabilização da frequência de repetição de k-mers. Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Julho de 2016.

Mondelli, M.; Galheigo, M.; Medeiros, V.; Bastos, B.; Gomes, A.; Mattoso, M.; Vasconcelos, A.; Gadelha, L. Integrating Scientific Workflows with Scientific Gateways: A Bioinformatics Experiment in the Brazilian National High-Performance Computing Network. X Brazilian e-Science Workshop. Anais do XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, Julho de 2016. PDF

Vilasbôas, F.G.; Osthoff, C. ; O. Trelles ; OCAÑA, K.A.C.S. ; Vasconcelos , A.T.R. Otimização de um algoritmo paralelo para contabilização da repetição de k-mers. 2ª Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, 2016, Rio de Janeiro.

Vilasbôas, F.G.; Osthoff, C.; Trelles, O.; Vasconcelos, A.T. Desenvolvimento de um algoritmo paralelo para contabilização da repetição de K-mers 3ª Conferência Ibero Americana de Computação Aplicada 2015 - Florianópolis - Santa Catarina - Brasil - 30 Novembro a 1 Dezembro de 2015.

Vilasbôas, F.; Osthoff, C.; Ocaña, K.; Trelles, O.; Vasconcelos, A.T. A GPU-based algorithm to Calculate K-mers Frequencies. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics - São Paulo - Brasil - 3 a 6 de Novembro de 2015.

Mondelli, M. L.; Torreño, O.; Ocaña, K. A. C. S.; Mattoso, M.; Wilde, M.; Vasconcellos, A. T.; Trelles, O.; Gadelha, L. M. R. SwiftGECKO: a provenance-enabled parallel comparative genomics workflow. In Proceedings X-Meeting 2015, Universidade de São Paulo, São Paulo, Novembro de 2015. PDF

Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Ramos, D.; Nardes, R. MDACCER: Modified Distributed Assessment of the Closeness CEntrality Ranking in Complex Networks for Massively Parallel Environments. 6th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures (SBAC-PAD 2015) - Florianópolis - Brasil - 18 a 21 de Outubro de 2015.

Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M. Fine-Tuning Xeon architecture Vectorization and Parallelization of a Numerical Method for convection-diffusion equations. Latin America High Performance Computing Conference - Petrópolis - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.

Stanislau, R.L.; Osthoff, C.; da Silva, M.P. Avaliação de um problema fortemente acoplado nas arquiteturas Intel Core i7 e Intel Xeon com e sem HyperThreading e na Intel Xeon Phi. I Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.

Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Estudo de uma versão paralela do processo de clusterizacão aplicado a montagem e comparação de genomas. I Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.

Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Nardes, R.; Nascimento, D.; Massive parallelism with GPUS for centrality ranking in complex networks. International Journal of Computer Science and Information Technology (AIRCC-IJCSIT), 6(3):21–37, 2014.

CABRAL, F. L., KISCHINHEVSKY, M., BRANDAO, D., Osthoff, C MPI/OpenMP/OpenACC implementations for the solution of convection-diffusion equations with the HOPMOC Method The 14th International Conference on Computational Science and Its Applications 2014, 2014, Porto. The 14th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2014). Conference Publishing Services (CPS) IEEE Computer Society, 2014.

CABRAL, F. L., Osthoff, C, BRANDAO, D., KISCHINHEVSKY, M. Implementação Híbrida MPI/OpenMP do Método HOPMOC na Resolução da Equação de Convecção-Difusão XXXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2014., 2014, Natal.

Cabral, F. L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M.; Hybrid MPI/OpenMP/OpenACC implementations for the solution of convection-diffusion equations with the HOPMOC Method. The 14th International Conference on Computational Science and Its Applications, 2014.

Cabral, F. L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M.; Implementação Híbrida MPI/OpenMP do Método HOPMOC na Resolução da Equação de Convecção-Difusão. XXXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2014.

Gadelha Jr., L. M. R.; Guimarães, P.; Moura, A. M.; Drucker, D. P.; Dalcin, E.; Gall, G.; Tavares Jr., J.; Palazzi, D.; Poltosi, M.; Porto, F.; Moura, F.; Leo, W. V.; SiBBr: Uma Infraestrutura para Coleta, Integração e Análise de Dados sobre a Biodiversidade Brasileira. VIII Brazilian e-Science Workshop no XXXIV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2014.

PINTO, R. S., Osthoff, C, AUGUSTO, D., TRELLES, O., VASCONCELOS, A. T. Performance Evaluation of Quicksort with GPU Dynamic Parallelism for Gene-Expression Quantile Normalization. Journal of Communication and Computer. , v.10, p.1522 - 1528, 2013.

PINTO, R. S., Osthoff, C, VASCONCELOS, A. T., AUGUSTO, D., DIAS, P. L. S., RODRIGUEZ, A., TRELLES, O. Applying GPU Dynamic Parallelism to High-Performance Normalization of Gene Expressions 15th International Simposium on Computer Architecture and High Performance Computing/ 4th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures/ WAMCA, 2013, Porto de Galinhas.

Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., PILLA, L., MAILLARD, N., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., WALKO, R., KASSICK, R., BOITO, F. Atmospheric models hybrid OpenMP/MPI implementation multicore cluster evaluation. International Journal of Information Technology, Communications and Convergence. , v.2, p.212 - 232, 2012.

Osthoff, C, PINTO, R. S., Vliasboas F., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, V., PANETTA, J., LOPES, P. P. IMPROVING ATMOSPHERIC MODEL PERFORMANCE ON A MULTI-CORE CLUSTER SYSTEM In: Atmospheric Models.1 ed.Rijeka : Open Access publisher of Scientific Books and Journals- Intech, 2012, v.1, p. 1-24.

Osthoff, C, PINTO, R. S., Vliasboas F., NAVAUX, P., LOPES, P. P., PANETTA, J. Global atmospheric model performance case studies in multicore and manycore platform 10th World Congress on Computational Mechanics (WCCM 2012), 2012, São Paulo. Computational Mechanics Proceedings 2012. São Paulo: P.M. Pimenta E.M.B Campello Editors, 2012.

PINTO, R. S., Osthoff, C, Vliasboas F., DIAS, P. L. S. Hybrid Cluster Programming Models Evaluation for Atmospheric Simulation Model Application 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012, Petrópolis. 5th LNCC Meeting on Computational Modeling. Pedrópolis: Laboratório Nacional de Computação Científica, 2012.

Osthoff, C, PINTO, R. S., DIAS, P. L. S., PANETTA, J., LOPES, P. P. Atmospheric Model Cluster Performance Evaluation on Hybrid MPI/OpenMP/Cuda Programming Model Platform XXXI International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC'2012), 2012, Valparaíso - Chile. The Jornadas Chilenas de Computación (JCC). IEEE Computer Society, 2012. v.1. p.216 - 222

PINTO, R. S., Osthoff, C, Vliasboas F., DIAS, P. L. S. Programming Models case studies on Atmospheric Model Application GPU Computing Developer Forum (CSBC 2012), 2012, Curutiba. Anais do XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Sociedade Brasileira de Computação, 2012.

BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, N., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J. Avaliação de desempenho do OLAM com o PVFS2 11º Escola Regional de Alto Desempenho. Sociedade Brasileira de Computação, 2011.

Osthoff, C, PINTO, R. S., Vliasboas F., DIAS, P. L. S., BOITO, F., KASSICK, R., SCHEPKE, C., NAVAUX, P., PANETTA, J., LOPES, P. P. EVALUATION OF PROGRAMMING MODELS FOR ATMOSPHERIC APPLICATION IADIS International Conference Applied Computing 2011, Rio de Janeiro.

Osthoff, C, Vliasboas F., PINTO, R. S., BOITO, F., LOPES, P. P., PANETTA, J., SCHEPKE, C., KASSICK, R., NAVAUX, P., DIAS, P. L. S. GPU PERFORMANCE EVALUATION ON ATMOSPHERE MODEL’S APPLICATION SYSTEM XXXII-CILAMCE-Iberian Latin American Congress on Computational Methods in Engineering, 2011, Ouro Preto- MG.

Osthoff, C, GRUNMAN, P., BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., PANETTA, J., MAILLARD, N., DIAS, P. L. S., WALKO, R. Improving Performance on Atmospheric Models through a Hybrid OpenMP/MPI Implementation In: http://www.ftrai.org/ispa2011/index.php, 2011, Busan. The 9th IEEE International Symposium on Parallel Processing with Applications. Busan. Korea: IEEE Conference Publishing Services, 2011. v.1. p.69 - 74

BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., SCHEPKE, C., NAVAUX, P., MAILLARD, N., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J. I/O Performance of a Large Atmospheric Model using PVFS Rencontres francophones du Parallélisme (RenPar'20), 2011, Saint Malo, França. RenPar'20, SympA'14, CFSE'8. Rennes, França: IRISA, 2011. v.1.

KASSICK, R., BOITO, F., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, V., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J. Trace-based Visualization as a Tool to Understand Applications’ I/O Performance in Multi-Core Machines 2nd Workshop on Architecture and Multi-Core Applications - October 26th and 27th of 2011, 2011, Vitória-ES. 23rd International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing - SBAC-PAD'2011. IEEE Computer Society, 2011.

Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., KASSICK, R., BOITO, F., NAVAUX, P. Improving Core Selection on a Multicore Cluster to Increase the Scalability of an Atmospheric Model Simulation XXXI Iberian-Latin-American Congress on Computational Methods in Engineering, 2010, Buenos Aires. Macanica Computacional Vol. XXIX. Buenos Aires: Asociación Argentina de Mecanica Computacional, 2010. p.3143 - 3153

Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., GRUNMAN, P., MAILLARD, N., NAVAUX, P., DIAS, P. L. S. I/O Performance Evaluation on Multicore Clusters with Atmospheric Model Environment SBAC-PAD 2010, 2010, Petrópolis. 22nd International Symposium on Computer Architecture and High Performance computing. IEEE Computer Society, 2010. v.WAMMCA.

SCHEPKE, C., MAILLARD, N., Osthoff, C, DIAS, P. L. S., PANETTA, J. Performance Evaluation of an Atmospheric Simulation Model on Multi-Core Environments Latin American Conference on High Performance Computing (CLCAR 2010, 2010, Gramado-RS). Performance Evaluation of an Atmospheric Simulation Model on Multi-Core Environments 2010.

Fórum de Iniciação Científica com resumo expandido

Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para a contabilização da frequência de repetição de k-mers. III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.

Melo, M.S.; Souto, R.P. Otimização computacional do esquema da radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo e clima. III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.

Teixeira, T.D.Q.S.; Cabral, F.L.; Osthoff, C. Estratégia de otimização para um método numérico para resolução de problemas de convecção-difusão. III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.

Melo, M.S.; Souto, R.P. Paralelização do esquema de radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo. Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Julho de 2016.

Melo, M.S.; Souto, R.P.; Castro, I.F.M. Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core. Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Agosto de 2015.

Pôsteres

Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para contabilização da frequência de repetição de k-mers. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Outubro de 2016.

Melo, M.S.; Souto, R.P. Otimização computacional do esquema de radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo e clima. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Outubro de 2016.

Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Estudo de uma versão paralela em arquitetura manycore do processo de classificação de metagenomas. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2015.

Melo, M.S.; Souto, R.P. Estudo sobre paralelização de código da radiação implementada no modelo BRAMS. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2016.

Mondelli, M. L.; Vilasbôas, F.; Ocaña, K.; Mattoso, M.; Vasconcelos, A. T.; Gadelha, L. Provenance-based Profiling of Swift Parallel and Distributed Scientific Workflows. In Proceedings X-Meeting 2015, Universidade de São Paulo, São Paulo, Novembro de 2015. PDF

Melo, M.S.; Souto, R.P.; Castro, I.F.M. Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2015.

Cabral, L.C.; OSTHOFF, C.; Silva, D.; Moreira, R.N. MDACCER: A local strategy for assessment of complex networks on GPUs. Nvidia GPU Technology Conference 2015, Março de 2015.

VALENTE, M.C.; OSTHOFF, C.; Vliasboas, F. Estudo de uma versão paralela do processo de clusterização aplicado a montagem e alinhamento de genomas. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2015.

MELO, M.S.; SOUTO, R.P.; CASTRO, I.F.M. Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2015.

MELO, M.S.; OSTHOFF, C.; SOUTO, R.P. Estudo de desempenho de uma aplicação de bioinformática em um ambiente híbrido de processamento paralelo com tecnologia multicore e GPU. Jornada de Iniciação Tecnológica PIBITI/LNCC, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2014.

Silva, D.; OSTHOFF, C.; Cabral, L.F. Avaliação de Desempenho dos Algoritmos para Manipulação de Grafos em Ambientes Paralelos Híbridos CPU/GPU. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2014.