Publicações

  • Livros publicados.

  • Bianchini, C., Osthoff, C., Souza, P., & Ferreira, R. (2020). High performance computing systems. 19th Symposium, WSCAD 2018, São Paulo, Brazil, October 1–3, 2018, Revised Selected Papers. link
  • Trabalhos publicados por grupos externos utilizando os recursos computacionais do CENAPAD/LNCC.

  • Gomes, Antônio Tadeu A and Molion, Enzo and Souto, Roberto P and Méhaut, Jean-Francçois.Memory allocation anomalies in high-performance computing applications: A study with numerical simulations. Journal Concurrency and Computation: Practice and Experience,2021,Wiley Online Library. doi.org/10.1002/cpe.6094
  • Silva, L. C. ; Coelho, M. ; Terra, R. S. ; Carvalho, D. ; GADELHA, LUIZ M.R. ; OSTHOFF, CARLA ; OCAÑA, K.A.C.S. .Workflows Científicos de RNA-Seq em Ambientes Distribuídos de Alto Desempenho: Otimização de Desempenho e Análises de Dados de Expressão Diferencial de Genes. In: Brazilian e-Science Workshop (BreSci 2021), 2021, Florianópolis, Santa Catarina. Anais do XV Brazilian e-Science Workshop, 2021. doi.org/10.5753/bresci.2021.15789
  • Terra, R. S. ; OSTHOFF, CARLA ; Carvalho, D. ; OCAÑA, K.A.C.S. ; Coelho, M. ; Gadelha, L. ; Garcia-Zapata, M. T. A. ; Silva, L. C. .Gerência e Análises de Workflows aplicados a Redes Filogenéticas de genomas de Dengue no Brasil. In: Brazilian e-Science Workshop (BreSci 2021), 2021, Florianópolis, Santa Catarina. Anais do XV Brazilian e-Science Workshop, 2021. doi.org/10.5753/bresci.2021.15788
  • OCAÑA, K.A.C.S.; Coelho, M. ; Terra, R. S. ; Freire, G. ; Santos, M. ; Silva, L. C. ; GALHEIGO, MARCELO ; Carneiro, A. ; Fagundes, B. ; Carvalho, D. ; Cardoso, D. ; Meneses, E. ; Gadelha, L. ; Osthoff, C. .Developing Efficient Scientific Gateways for Bioinformatics in Supercomputer Environments supported by Artificial Intelligence. In: The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021. The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021. PDF
  • Taipe, S. H. H., Teixeira, T, Ribeiro, W., Carneiro, A., Cabral, F. L., Gonzaga de Oliveira S.L., Serpa, M. S., Borges, M. R., Esteban Meneses, Osthoff, C., Navaux,P.SCALABLE NUMERICAL METHOD FOR BIPHASIC FLOWS IN HETEROGENEOUS POROUS MEDIA IN HIGH-PERFORMANCE COMPUTATIONAL ENVIRONMENTS. In: The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021. The Event for High Performance Computing, Machine Learning and Data analysis (ISC), 2021.PDF
  • R. S. Alencar, R. Longuinhos, C. Rabelo, H. Miranda, B. C. Viana, A. G. Souza Filho, L. G. Cançado, A. Jorio, and J. Ribeiro-Soares. Raman spectroscopy polarization dependence analysis in two-dimensional gallium sulfide. Physical Review B, 2020, vol. 102, no 16, p. 165307. doi: 10.1007/978-3-030-16205-4_15
  • Longuinhos, Raphael and Vymazalová, Anna and Cabral, Alexandre R and Alexandre, Simone S and Nunes, Ricardo W and Ribeiro-Soares, Jenaina. Raman spectrum of layered jacutingaite (Pt2HgSe3) crystals-Experimental and theoretical study. Journal of Raman Spectroscopy, 2020, vol. 51, no 2, p. 357-365. doi: 10.1002/jrs.5764
  • R. Longuinhos and J. Ribeiro-Soares.Superior stiffness and vibrational spectroscopic signature of two - dimensional diamond-like carbon nitrides. Physica E: Low-dimensional Systems and Nanostructures, 2020, vol. 119, p. 114007. doi: 10.1016/j.physe.2020.114007.
  • R. Longuinhos and J. Ribeiro-Soares. Monitoring the Applied Strain in Monolayer Gallium Selenide through Vibrational Spectroscopies: A First-Principles Investigation. Physical Review Applied, 2019, vol. 11, no 2, p. 024012. doi:10.1103/PhysRevApplied.11.024012.
  • Longuinhos, R.; Ribeiro-Soares, J. Stable holey two - dimensional C₂N structures with tunable electronic structure Phys. Rev. B - Maio de 2018. doi:10.1103/PhysRevB.97.195119
  • Trabalhos completos publicados pelo CENAPAD/LNCC

  • CABRAL, F. L. ; Gonzaga De Oliveira, S. L. ; OSTHOFF, C. ; COSTA, G. P. ; BRANDAO, D. N. ; Kischnhevsky, M. An evaluation of MPI and OpenMP paradigms in finite-difference explicit methods for PDEs on shared-memory multi - and manycore systems. CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE AND EXPERIENCE, v. 32, p. e5642, 2020. doi.org/10.1002/cpe.5642
  • Gonzaga de Oliveira, S.L.; CARVALHO, C. V. ; OSTHOFF, C. The influence of reordering algorithms on the convergence of a preconditioned restarted GMRES method.In: The 20th International Conference on Computational Science and its Applications - ICCSA, 2020, Cagliari. Lecture Notes in Computer Science. Cham: Springer, 2020. v. 12249. doi;/10.1007/978-3-030-58799-4_2
  • ROBAINA, D. T. ; Gonzaga de Oliveira, S.L. ; Kischnhevsky, M. ; OSTHOFF, C. ; SENA, A. C. A convergence analysis of a multistep method applied to an advection-diffusion equation in 1-D. In: The 20th International Conference on Computational Science and its Applications - ICCSA, 2020, Cagliari. Lecture Notes in Computer Science. Cham: Springer, 2020. v. 12249. doi:/10.1007/978-3-030-58799-4_1
  • OCAÑA, K.A.C.S.; Coelho, M. ; Freire, G. ; Osthoff, C. High-Performance Computing of BEAST/BEAGLE in Bayesian Phylogenetics using SDumont Hybrid Resources.In: Brazilian e-Science Workshop (BreSci 2020), 2020, Cuiabá, Mato Grosso. Anais do XIV Brazilian e-Science Workshop, 2020. doi:/10.5753/bresci.2020.11190
  • Silva, L. C. ; Coelho, M. ; GADELHA, LUIZ M.R. ; OCAÑA, K.A.C.S. ; OSTHOFF, CARLA. Avaliação de Desempenho de um Workflow Científico para Experimentos de RNA-Seq no Supercomputador Santos Dumont. In: Workshop de Iniciação Científica em Arquitetura de Computadores e Computação de Alto Desempenho (WSCAD 2020 - WIC), 2020. Anais do Workshop de Iniciação Científica em Arquitetura de Computadores e Computação de Alto Desempenho, 2020.
  • Gabriel Costa (CEFET/RJ), Thiago Teixeira (LNCC), Frederico Cabral (LNCC), Carla Osthoff (LNCC). Implementação de overthread no método numérico HOPMOC através de um algoritmo híbrido MPI/OpenMP. Workshop de Iniciação Científica em Arquitetura de Computadores e Computação de Alto Desempenho (WSCAD 2020 - WIC), 2020. Anais do Workshop de Iniciação Científica em Arquitetura de Computadores e Computação de Alto Desempenho, 2020.
  • Calebe de Paula Bianchini, Carla Osthoff, Paulo Souza, Renato Ferreira. High Performance Computing Systems. 19th Symposium, WSCAD 2018, São Paulo, Brazil, October 1–3, 2018, Revised Selected Papers: 19th Symposium, WSCAD 2018, São Paulo, Brazil, October 1–3, 2018, Revised Selected Papers December 2019 Communications in Computer and Information Science.doi: 10.1007/978-3-030-41050-6.
  • Kary Ocaña, Carla Osthoff, Micaella Coelho, Marcelo Galheigo, Isabela Canuto, Douglas de Oliveira, Daniel de Oliveira. Performance Evaluation of Parallel Inference of Large Phylogenetic Trees in Santos Dumont Supercomputer: A Practical Approach. Latin American High Performance Computing Conference CARLA 2019: High Performance Computing pp 448-463. doi:10.1007/978-3-030-41005-6_31.
  • Kary A.C.S.Ocaña,Marcelo Galheigo, Carla Osthoff, Luiz M.R.GadelhaJr, Fabio Porto, Antônio Tadeu A.Gomes, Danielde Oliveira, Ana Tereza Vasconcelosa. A SCIENTIFIC GATEWAY FOR INTEGRATING BIOINFORMATICS APPLICATIONS ON THE BRAZILIAN NATIONAL HIGH-PERFORMANCE COMPUTING NETWORK. Future Generation Computer Systems Volume 107, June 2020, Pages 192-214. doi:10.1016/j.future.2020.01.030.
  • GOMES,A.T.A;MOLION,E.;SOUTO,R.P.;MEHAUT,J.F. Identification and Characterization of Memory Allocation Anomalies in High-Performance Computing Application(to appear).In: Simpósio de Sistemas Computacionais de Alto Desempenho(WSCAD 2019), 2019, Campo Grande-MS. Anais do Simpósio de Sistemas Computacionais de Alto Desempenho(WSCAD 2019),2019.
  • Diogo T. Robaina, Sanderson L. Gonzaga de Oliveira, Mauricio Kischinhevsky, Carla Osthoff. NUMERICAL SIMULATIONS OF THE 1-D MODIFIED BURGERS EQUATION. Proceedings of the 2019 Winter Simulation Conference. doi: 10.1109/WSC40007.2019.9004661
  • S. L. Gonzaga de Oliveira, C. Carvalho, C. Osthoff. The effect of symmetric permutations on the convergence of a restarted GMRES solver with ILU-type preconditioners. Proceedings of the 2019 Winter Simulation Conference. doi: 10.1109/WSC40007.2019.9004742
  • CABRAL, FREDERICO L. ; OSTHOFF, CARLA ; Souto, Roberto P. ; Costa, Gabriel P. ; Gonzaga de Oliveira, Sanderson L. ; Brandão, Diego ; KISCHINHEVSKY, MAURICIO . Fine-Tuning an OpenMP-Based TVD Hopmoc Method Using Intel® Parallel Studio XE Tools on Intel® Xeon® Architectures. Communications in Computer and Information Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2019, v. , p. 194-209. doi: 10.1007/978-3-030-16205-4_15
  • Cabral, Frederico ; OSTHOFF, CARLA ; Souto, Roberto Pinto ; Costa, Gabriel P. ; DE OLIVEIRA, SANDERSON L. GONZAGA ; Brandão, Diego N. ; KISCHINHEVSKY, MAURICIO . An Improved OpenMP Implementation of the TVD Hopmoc Method Based on a Cluster of Points. Water Resources Development and Management. 1ed.: Springer Singapore, 2019, v. , p. 132-145. doi:10.1007/978-3-030-15996-2_10
  • Gonzaga de Oliveira, S. L. ; Abreu, A. A. A. M. ; Osthoff, C. ; Henderson Guedes de Oliveira, L. N. . A Variant of the George-Liu Algorithm. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2019, v. , p. 3-12. doi: 10.1007/978-3-030-24289-3_1
  • Gonzaga de Oliveira, S. L. ; Osthoff, C. ; Henderson Guedes de Oliveira, L. N. . An Experimental Analysis of Heuristics for Profile Reduction. In: International Conference on Computational Science and Its Applications - ICCSA, 2019. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2019, v. , p. 25-36. doi: 10.1007/978-3-030-24289-3_3
  • OCAÑA, K.A.C.S.; Galheigo, M. ; Osthoff, C. ; Gadelha, L. ; Gomes, A. T. A. ; Oliveira, D. C. M. ; Porto, F. A. M. ; Vasconcelos, A. T. R. . Towards a Science Gateway for Bioinformatics: Experiences in the Brazilian System of High Performance Computing. In: Workshop on Clusters, Clouds and Grids for Life Sciences (In conjunction with CCGrid 2019 - 19th IEEE/ACM International Symposium on Cluster, Cloud and Grid Computing), 2019, Cyprus. Proceedings of the Workshop on Clusters, Clouds and Grids for Life Sciences (In conjunction with CCGrid 2019 - 19th IEEE/ACM International Symposium on Cluster, Cloud and Grid Computing), 2019. doi: 10.1109/CCGRID.2019.00082
  • Gonzaga de Oliveira, S.L.;Carvalho, C ; Osthoff, C. The effect of symmetric permutations on the convergence of a restarted GMRES solver with ILU-type preconditioners. Proceedings of the 2019 Winter Simulation Conference.
  • Robaina, Diogo;SANDERSON L. GONZAGA ; KISCHINHEVSKY, MAURICIO; OSTHOFF, CARLA Sena, A. C.; NUMERICAL SIMULATIONS OF THE 1-D MODIFIED BURGERS EQUATION,Proceedings of the 2019 Winter Simulation Conference
  • Bez, Jean Luca; Ramos Carneiro, André; Slodera Girelli Valéria; Zanon Boito; Alves fagundes,Bruo; Osthoff,Carla;leite da Silva Dias,Pedro; Méhaut, Jean -François; Navaux, Philippe I/O Performance of the Santos Dumont Supercomputer. International Journal of High Performance Computing Applications
  • Teixeira, T.; Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Souto, R.P.; Borges, M.R. Análise das oportunidades de Otimização para Ambientes Intel Xeon Phi e Intel Xeon Scalable Processors de um Método Numérico para o Escoamento Bifásico de Fluidos em Meios Porosos. XIX Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho - São Paulo - SP - Outubro de 2018.
  • Coelho, M.; Osthoff, C.; Ocaña, K.A.C.S. Avaliação do RAxML no Supercomputador Santos Dumont. 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics - Niterói - RJ. Short Papers Proceedings - Outubro de 2018.
  • Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Souto, R.P.; Costa, G.P.; Gonzaga de Oliveira, S.L.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M. Fine-tuning an OpenMP-based TVD-Hopmoc method using Intel Parallel Studio XE tools on Intel Xeon Architectures. Fifth Latin American Conference, CARLA 2018 - Communications in Computer and Information Science. Springer. doi: 10.1007/978-3-030-16205-4_15
  • Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Costa, G.P.; Gonzaga de Oliveira, S.L.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M. An improved OpenMP implementation of the TVD–Hopmoc method based on a cluster of points. 3th International Meeting on High Performance Computing for Computational Science, VECPAR 2018 - Communications in Computer and Information Science. Springer. doi: 10.1007/978-3-030-15996-2_10
  • Stanislau, R.L.; Labruzzo T.; Souto R.P.; Osthoff, C.; Zerilli, A. Otimização computacional do processo de inversão 2.5D de dados eletromagnéticos por uma abordagem via OpenMP. XXXVIII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional (CNMAC 2018) - Campinas - SP - Brasil - Setembro de 2018. PDF
  • Souto, R.P.; Welter, M.E.S.; Melo, M.S.; Osthoff, C.; Borseti, R.J.P.; Rodrigues, L.F.; Dias, P.L. da S.; Vigilant, F. New computational developments on chemistry module of BRAMS numerical weather prediction XXXVIII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional (CNMAC 2018) - Campinas - SP - Brasil - Setembro de 2018.
  • Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Costa, G.P.; Gonzaga de Oliveira, S.L.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M. An OpenMP Implementation of the TVD Hopmoc Method Based on a Synchronization Mechanism Using Locks Between Adjacent Threads on Xeon Phi (TM) Accelerators. Lecture Notes in Computer Science. Springer International Publishing, 2018, v. 3, p. 701-707. doi: 10.1007/978-3-319-93713-7_67
  • Brandão, D.; Oliveira, S.L.G.; Kischinhevsky, M.; Osthoff, C.; Cabral, F.L. A total variation diminishing Hopmoc scheme for numerical time integration of evolutionary differential equations. The 18th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2018), 2018, Melborne. doi: 10.1007/978-3-319-95162-1_4
  • Carneiro, A.R.; Bez, J.L.; Boito, F.Z.; Fagundes, B.A.; Osthoff, C.; Navaux, P.O.A. Collective I/O Performance on the Santos Dumont Supercomputer 2018 26th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-based Processing (PDP), Cambridge, 2018, pp. 45-52. doi: 10.1109/PDP2018.2018.00015
  • Ocaña, K.A.C.S.; Pedro, J.C.A.G.; Coelho, M.; Galheigo, M.M.; Osthoff, C. Avaliação do uso eficiente de algoritmos paralelos de filogenia em supercomputadores. XXXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação - 12º Brazilian e-Science Workshop (BreSci), Natal - RN, Julho de 2018.
  • Longuinhos, R.; Ribeiro-Soares, J. Stable holey two-dimensional C₂N structures with tunable electronic structure Phys. Rev. B - Maio de 2018. doi: 10.1103/PhysRevB.97.195119
  • Cabral F.L.; Osthoff C.; Costa G.; Brandão D.; Oliveira S.L.G.; Kischinhevsky M. Tuning up TVD HOPMOC method on Intel MIC Xeon Phi Architectures with Intel Parallel Studio Tools Workshop on Applications for Multicore Architecture (WAMCA 2017) - International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing (SBAC-PAD 2017) - Campinas - São Paulo - Brasil - Outubro de 2017. doi: 10.1109/SBAC-PADW.2017.12
  • Vilasbôas, F.; Coelho, M.; Osthoff, C.; Vasconcelos, A.T. Paralelização híbrida e em múltiplos níveis de um algoritmo de contabilização de frequência de K-mer. XVIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho – Campinas – São Paulo – Brasil – Outubro de 2017. PDF
  • Sánchez-Tapia, A.; de Siqueira, M.; Lima, R.; Barros, F.; Gall, G.; Gadelha, L.; da Silva, L. Model-R: A Framework for Scalable and Reproducible Ecological Niche Modeling In High Performance Computing - Fourth Latin American Conference, CARLA 2017. Communications in Computer and Information Science. Springer, 2017 PDF
  • Vilasbôas, F.; Osthoff, C.; Ocaña, K.; Trelles, O.; Vasconcelos, A. Análise da execução do algoritmo CFRK III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017. PDF
  • Silva, M. P.; Osthoff, C.; Dias, P. L. da S.; Souto, R. P. Changes in the linear system equations solver to optimize the Ocean–Land–Atmosphere Model 4th Conference on Computational Interdisciplinary Sciences - CCIS2016, Novembro de 2016.
  • Mondelli, M.; Tonelli, M.; Ocaña, K.; Vasconcelos, A.; Gadelha, L. HPSW-Prof: A Provenance-Based Framework for Profiling High Performance Scientific Workflows Demonstration Track, Proc. of Satellite Events of the 31st Brazilian Symposium on Databases (SBBD 2016), Outubro de 2016. PDF
  • Silva, M. P.; Dias, P. L. da S.; Osthoff, C.; Souto, R. P. Ajuste do intervalo de tempo para integraçao do modelo OLAM com grade de resolução variável XXXVI Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional - CNMAC2016, Setembro de 2016.
  • Silva, M. P.; Dias, P. L. da S.; Osthoff, C.; Souto, R. P. Prevendo o desempenho do OLAM no supercomputador Santos Dumont XXXVI Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional - CNMAC2016, Setembro de 2016.
  • Cabral, F.; Osthoff, C.; Borges, M.R. Fine-Tuning Optimization for a Numerical Method for Hyperbolic Equations Applied to a Porous Media Flow Problem with Intel® Tools [Artigo disponível para leitura no Intel Developer Zone] (https://software.intel.com/en-us/articles/fine-tuning-optimization-for-a-numerical-method-for-hyperbolic-equations)
  • N.R. da Silva D.; Wehmuth K.; Osthoff C.; Appel A.P.; Ziviani A. Análise de Desempenho de Plataformas de Processamento de Grafos 31° Simpósio Brasileiro de Banco de Dados, SBBD2016, Salvador, Bahia - Brasil, de 04 a 07 de outubro de 2016.
  • Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para a contabilização da frequência de repetição de k-mers. Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Julho de 2016.
  • Mondelli, M.; Galheigo, M.; Medeiros, V.; Bastos, B.; Gomes, A.; Mattoso, M.; Vasconcelos, A.; Gadelha, L. Integrating Scientific Workflows with Scientific Gateways: A Bioinformatics Experiment in the Brazilian National High-Performance Computing Network. X Brazilian e-Science Workshop. Anais do XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, Julho de 2016. PDF
  • Vilasbôas, F.G.; Osthoff, C. ; O. Trelles ; OCAÑA, K.A.C.S. ; Vasconcelos , A.T.R. Otimização de um algoritmo paralelo para contabilização da repetição de k-mers. 2ª Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, 2016, Rio de Janeiro.
  • Vilasbôas, F.G.; Osthoff, C.; Trelles, O.; Vasconcelos, A.T. Desenvolvimento de um algoritmo paralelo para contabilização da repetição de K-mers 3ª Conferência Ibero Americana de Computação Aplicada 2015 - Florianópolis - Santa Catarina - Brasil - 30 Novembro a 1 Dezembro de 2015.
  • Vilasbôas, F.; Osthoff, C.; Ocaña, K.; Trelles, O.; Vasconcelos, A.T. A GPU-based algorithm to Calculate K-mers Frequencies. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics - São Paulo - Brasil - 3 a 6 de Novembro de 2015.
  • Mondelli, M. L.; Torreño, O.; Ocaña, K. A. C. S.; Mattoso, M.; Wilde, M.; Vasconcellos, A. T.; Trelles, O.; Gadelha, L. M. R. SwiftGECKO: a provenance-enabled parallel comparative genomics workflow. In Proceedings X-Meeting 2015, Universidade de São Paulo, São Paulo, Novembro de 2015. PDF
  • Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Ramos, D.; Nardes, R. MDACCER: Modified Distributed Assessment of the Closeness Centrality Ranking in Complex Networks for Massively Parallel Environments. 6th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures (SBAC-PAD 2015) - Florianópolis - Brasil - 18 a 21 de Outubro de 2015.
  • Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M. Fine-Tuning Xeon architecture Vectorization and Parallelization of a Numerical Method for convection-diffusion equations. Latin America High Performance Computing Conference - Petrópolis - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.
  • Stanislau, R.L.; Osthoff, C.; da Silva, M.P. Avaliação de um problema fortemente acoplado nas arquiteturas Intel Core i7 e Intel Xeon com e sem HyperThreading e na Intel Xeon Phi. I Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.
  • Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Estudo de uma versão paralela do processo de clusterizacão aplicado a montagem e comparação de genomas. I Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil - 24 a 26 de Agosto de 2015.
  • Cabral, F.L.; Osthoff, C.; Nardes, R.; Nascimento, D.; Massive parallelism with GPUS for centrality ranking in complex networks. International Journal of Computer Science and Information Technology (AIRCC - IJCSIT), 6(3):21-37, 2014.
  • CABRAL, F. L., KISCHINHEVSKY, M., BRANDAO, D., Osthoff, C MPI/OpenMP/OpenACC implementations for the solution of convection - diffusion equations with the HOPMOC Method The 14th International Conference on Computational Science and Its Applications 2014, 2014, Porto. The 14th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2014). Conference Publishing Services (CPS) IEEE Computer Society, 2014.
  • CABRAL, F. L., Osthoff, C, BRANDAO, D., KISCHINHEVSKY, M. Implementação Híbrida MPI/OpenMP do Método HOPMOC na Resolução da Equação de Convecção-Difusão XXXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2014., 2014, Natal.
  • Cabral, F. L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M.; Hybrid MPI/OpenMP/OpenACC implementations for the solution of convection-diffusion equations with the HOPMOC Method. The 14th International Conference on Computational Science and Its Applications, 2014.
  • Cabral, F. L.; Osthoff, C.; Brandão, D.; Kischinhevsky, M.; Implementação Híbrida MPI/OpenMP do Método HOPMOC na Resolução da Equação de Convecção-Difusão. XXXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2014.
  • Gadelha Jr., L. M. R.; Guimarães, P.; Moura, A. M.; Drucker, D. P.; Dalcin, E.; Gall, G.; Tavares Jr., J.; Palazzi, D.; Poltosi, M.; Porto, F.; Moura, F.; Leo, W. V.; SiBBr: Uma Infraestrutura para Coleta, Integração e Análise de Dados sobre a Biodiversidade Brasileira. VIII Brazilian e-Science Workshop no XXXIV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2014.
  • PINTO, R. S., Osthoff, C, AUGUSTO, D., TRELLES, O., VASCONCELOS, A. T. Performance Evaluation of Quicksort with GPU Dynamic Parallelism for Gene-Expression Quantile Normalization. Journal of Communication and Computer. , v.10, p.1522 - 1528, 2013.
  • PINTO, R. S., Osthoff, C, VASCONCELOS, A. T., AUGUSTO, D., DIAS, P. L. S., RODRIGUEZ, A., TRELLES, O. Applying GPU Dynamic Parallelism to High-Performance Normalization of Gene Expressions 15th International Simposium on Computer Architecture and High Performance Computing/ 4th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures/ WAMCA, 2013, Porto de Galinhas.
  • Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., PILLA, L., MAILLARD, N., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., WALKO, R., KASSICK, R., BOITO, F. Atmospheric models hybrid OpenMP/MPI implementation multicore cluster evaluation. International Journal of Information Technology, Communications and Convergence. , v.2, p.212 - 232, 2012.
  • Osthoff, C, PINTO, R. S., Vliasboas F., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, V., PANETTA, J., LOPES, P. P. IMPROVING ATMOSPHERIC MODEL PERFORMANCE ON A MULTI-CORE CLUSTER SYSTEM In: Atmospheric Models.1 ed.Rijeka : Open Access publisher of Scientific Books and Journals- Intech, 2012, v.1, p. 1-24.
  • Osthoff, C, PINTO, R. S., Vliasboas F., NAVAUX, P., LOPES, P. P., PANETTA, J. Global atmospheric model performance case studies in multicore and manycore platform 10th World Congress on Computational Mechanics (WCCM 2012), 2012, São Paulo. Computational Mechanics Proceedings 2012. São Paulo: P.M. Pimenta E.M.B Campello Editors, 2012.
  • PINTO, R. S., Osthoff, C, Vliasboas F., DIAS, P. L. S. Hybrid Cluster Programming Models Evaluation for Atmospheric Simulation Model Application 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012, Petrópolis. 5th LNCC Meeting on Computational Modeling. Pedrópolis: Laboratório Nacional de Computação Científica, 2012.
  • Osthoff, C, PINTO, R. S., DIAS, P. L. S., PANETTA, J., LOPES, P. P. Atmospheric Model Cluster Performance Evaluation on Hybrid MPI/OpenMP/Cuda Programming Model Platform XXXI International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC’2012), 2012, Valparaíso - Chile. The Jornadas Chilenas de Computación (JCC). IEEE Computer Society, 2012. v.1. p.216 - 222
  • PINTO, R. S., Osthoff, C, Vliasboas F., DIAS, P. L. S. Programming Models case studies on Atmospheric Model Application GPU Computing Developer Forum (CSBC 2012), 2012, Curutiba. Anais do XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Sociedade Brasileira de Computação, 2012.
  • BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, N., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J. Avaliação de desempenho do OLAM com o PVFS2 11º Escola Regional de Alto Desempenho. Sociedade Brasileira de Computação, 2011.
  • Osthoff, C, PINTO, R. S., Vliasboas F., DIAS, P. L. S., BOITO, F., KASSICK, R., SCHEPKE, C., NAVAUX, P., PANETTA, J., LOPES, P. P. EVALUATION OF PROGRAMMING MODELS FOR ATMOSPHERIC APPLICATION IADIS International Conference Applied Computing 2011, Rio de Janeiro.
  • Osthoff, C, Vliasboas F., PINTO, R. S., BOITO, F., LOPES, P. P., PANETTA, J., SCHEPKE, C., KASSICK, R., NAVAUX, P., DIAS, P. L. S. GPU PERFORMANCE EVALUATION ON ATMOSPHERE MODEL’S APPLICATION SYSTEM XXXII-CILAMCE-Iberian Latin American Congress on Computational Methods in Engineering, 2011, Ouro Preto- MG.
  • Osthoff, C, GRUNMAN, P., BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., PANETTA, J., MAILLARD, N., DIAS, P. L. S., WALKO, R. Improving Performance on Atmospheric Models through a Hybrid OpenMP/MPI. Implementation In: http://www.ftrai.org/ispa2011/index.php, 2011, Busan. The 9th IEEE International Symposium on Parallel Processing with Applications. Busan. Korea: IEEE Conference Publishing Services, 2011. v.1. p.69 - 74
  • BOITO, F., KASSICK, R., PILLA, L., SCHEPKE, C., NAVAUX, P., MAILLARD, N., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J. I/O Performance of a Large Atmospheric Model using PVFS Rencontres francophones du Parallélisme (RenPar’20), 2011, Saint Malo, França. RenPar’20, SympA’14, CFSE’8. Rennes, França: IRISA, 2011. v.1.
  • KASSICK, R., BOITO, F., NAVAUX, P., SCHEPKE, C., MAILLARD, V., Osthoff, C, GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., PANETTA, J. Trace-based Visualization as a Tool to Understand Applications’ I/O Performance in Multi-Core Machines 2nd Workshop on Architecture and Multi-Core Applications - October 26th and 27th of 2011, 2011, Vitória-ES. 23rd International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing - SBAC-PAD’2011. IEEE Computer Society, 2011.
  • Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., GRUNMAN, P., DIAS, P. L. S., KASSICK, R., BOITO, F., NAVAUX, P. Improving Core Selection on a Multicore Cluster to Increase the Scalability of an Atmospheric Model Simulation XXXI Iberian-Latin-American Congress on Computational Methods in Engineering, 2010, Buenos Aires. Macanica Computacional Vol. XXIX. Buenos Aires: Asociación Argentina de Mecanica Computacional, 2010. p.3143 - 3153
  • Osthoff, C, SCHEPKE, C., PANETTA, J., GRUNMAN, P., MAILLARD, N., NAVAUX, P., DIAS, P. L. S. I/O Performance Evaluation on Multicore Clusters with Atmospheric Model Environment SBAC-PAD 2010, 2010, Petrópolis. 22nd International Symposium on Computer Architecture and High Performance computing. IEEE Computer Society, 2010. v.WAMMCA.
  • SCHEPKE, C., MAILLARD, N., Osthoff, C, DIAS, P. L. S., PANETTA, J. Performance Evaluation of an Atmospheric Simulation Model on Multi-Core Environments Latin American Conference on High Performance Computing (CLCAR 2010, 2010, Gramado-RS). Performance Evaluation of an Atmospheric Simulation Model on Multi-Core Environments 2010.
  • Relatórios técnicos do CENAPAD/LNCC

  • Stanislau, R.L.; Labruzzo, T.; Souto, R.P.; Osthoff, C.; Zerilli, A. Modelagem Multi-dimensional e inversão de dados eletromagnéticos (EM) em uma estação de trabalho multicore utilizando OpenMP ou processamento paralelo heterogêneo Petrópolis, Agosto de 2017. PDF
  • Publicações em fórum de Iniciação Científica com resumo expandido publicados pelo CENAPAD/LNCC

  • Gabriel Pinheiro da Costa, Frederico Luís Cabral, Carla Osthoff. Otimização do Método HOPMOC 1D com auxílio das ferramentas Intel Parallel Studio. Workshop de Iniciação Científica do Simpósio Brasileiro de Computação de Alto Desempenho 2019 (WSCAD-WIC)
  • Weber Ribeiro, Thiago Teixeira , Frederico L. Cabral, CarlaOsthoff, Marcio Borges, Otimização para Ambientes Intel de um Método Numérico para o Escoamento Bifásico de Fluidos em Meios Porosos Através da Eliminação de Barreiras OpenMP. Workshop de Iniciação Científica do Simpósio Brasileiro de Computação de Alto Desempenho 2019(WSCAD-WIC)
  • Gabriel Pinheiro da Costa, Carla Osthoff, Frederico Cabral. Aplicacão das ferramentas Intel Parallel Studio para modernização de código para métodos numéricos de diferenças finitas para solução de equações diferenciais parciais em arquitetura Intel Haswel/Broadwell. Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro 2019, ERAD-RJ 2019.
  • Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para a contabilização da frequência de repetição de k-mers. III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.
  • Melo, M.S.; Souto, R.P. Otimização computacional do esquema da radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo e clima. III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.
  • Teixeira, T.D.Q.S.; Cabral, F.L.; Osthoff, C. Estratégia de otimização para um método numérico para resolução de problemas de convecção-difusão. III Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Nova Iguaçu, Maio de 2017.
  • Melo, M.S.; Souto, R.P. Paralelização do esquema de radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo. Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Julho de 2016.
  • Melo, M.S.; Souto, R.P.; Castro, I.F.M. Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core. Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Agosto de 2015.
  • Publicações em Pôsteres pelo CENAPAD/LNCC

  • Vilasbôas, F.; Coelho, M.; Osthoff, C.; Vasconcelos, A.T.; Trelles, O. K-mer Frequency Counting Algorithm on a Hybrid Cluster Environment. ISC High Performance Conference, Frankfurt , Alemanha, Junho de 2017.
  • Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Desenvolvimento de uma versão paralela híbrida para contabilização da frequência de repetição de k-mers. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Outubro de 2016.
  • Melo, M.S.; Souto, R.P. Otimização computacional do esquema de radiação na atmosfera em modelo numérico de previsão de tempo e clima. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Outubro de 2016.
  • Coelho, M.; Osthoff, C.; Vilasbôas, F. Estudo de uma versão paralela em arquitetura manycore do processo de classificação de metagenomas. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2015.
  • Melo, M.S.; Souto, R.P. Estudo sobre paralelização de código da radiação implementada no modelo BRAMS. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2016.
  • Mondelli, M. L.; Vilasbôas, F.; Ocaña, K.; Mattoso, M.; Vasconcelos, A. T.; Gadelha, L. Provenance - based Profiling of Swift Parallel and Distributed Scientific Workflows. In Proceedings X-Meeting 2015, Universidade de São Paulo, São Paulo, Novembro de 2015.PDF
  • Melo, M.S.; Souto, R.P.; Castro, I.F.M. Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2015.
  • Cabral, L.C.; OSTHOFF, C.; Silva, D.; Moreira, R.N. MDACCER: A local strategy for assessment of complex networks on GPUs. Nvidia GPU Technology Conference 2015, Março de 2015.
  • VALENTE, M.C.; OSTHOFF, C.; Vliasboas, F. Estudo de uma versão paralela do processo de clusterização aplicado a montagem e alinhamento de genomas. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2015.
  • MELO, M.S.; SOUTO, R.P.; CASTRO, I.F.M. Comparação de desempenho de rotinas de multiplicação de matrizes em arquiteturas multi-core e many-core. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Janeiro de 2015.
  • MELO, M.S.; OSTHOFF, C.; SOUTO, R.P. Estudo de desempenho de uma aplicação de bioinformática em um ambiente híbrido de processamento paralelo com tecnologia multicore e GPU. Jornada de Iniciação Tecnológica PIBITI/LNCC, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2014.
  • Silva, D.; OSTHOFF, C.; Cabral, L.F. Avaliação de Desempenho dos Algoritmos para Manipulação de Grafos em Ambientes Paralelos Híbridos CPU/GPU. Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Setembro de 2014.